报恩寺是全国重点文物保护单位，也是国内保存完整的明代早期官式寺庙建筑，其年代悠久，具有很高的历史价值、艺术价值、科学价值、社会文化价值和旅游价值。为了在修缮过程中做到精确、无误，而又达到修缮目的，让文物延年益寿，2011年10月14、15日业主单位报恩寺博物馆、清华设计代表、云南成城监理及北京城建亚泰建设工程有限公司负责人、技术人员、项目经理、现场监理等一行对正在施工的万佛阁楼、山门瓦面结构和大小木结构再次进行了现场勘察。

首先从山门开始，再到万佛阁，对所有的梁、檩、椽的糟朽情况进行了详细勘察。发现大脊和两侧的吻兽，由于年代的久远，加上5.12汶川大地震的重创，其表层脱落相当严重，多处出现大小长短不等的裂纹。屋面檩子及负檩在地震后有严重的脱榫情况，脱榫后引起了屋面两侧方椽的移位，垂脊和戗脊也因此受到了严重的损坏。瓦面结构不同程度的变形。屋内负梁有多处已糟朽。北面山墙檩子有严重的移位，在早些年间维修的时候工匠用了铁爪钉进行了加固，现已脱落。四大角木结构存在严重的沉降问题，角梁有不同程度的糟朽、移位。屋内斗连枋的栏板有个别已经变形甚至已经不复存在。因长时间无人入内，屋内天花板堆积厚厚的灰尘；多数雀替在地震中都有严重的移位，木结构也有不同程度的脱榫现象，同时外部斗拱多处松动、断裂，已经起不了更大的支撑作用等问题。
在检察中，大家对前期做的佛像和壁画保护给予好评，充分予以肯定，同时建议佛像的正面方在施工时再加保护层。对检察过程中发现的问题，业主单位、设计单位、监理单位及施工方进行了详细的分析，设计代表对所有现存在的问题给出了相应的处理意见及建议，并召开了专题座谈会，会上各抒己见，最后形成如下意见：
1、根据屋面木结构脱榫严重，导致两侧的垂脊、戗脊严重变形，为了减轻屋面现在的荷载需马上进行垂脊和戗脊拆除。对于屋面的苫背，由于早些年间也没有进行苫背，为了保持原貌，现在也不需要再做苫背。对所有脱榫、移位、沉降的木结构，需进行精心的调整及归位，而对于糟朽的木件要进行一一进行镶嵌、更换。在瓦件的修补时需做到的三个重点：防水、色彩、硬度，修补过程中尽量注意细节方面的问题，色彩要求偏差不大，硬度能达到不变形、不开裂，一定要做好瓦件的防水效果。三楼正脊和吻兽尽量按设计要求做，如果在拆卸过程中难度较大的话，为了对文物不造成二次的损坏，建议就在原地进行修复（根据现场实际情况而定）。山门实行全揭顶大修方法施工。
2、因屋面瓦件已经经过多次的维修，要想以现在的屋面瓦件结构来进行铺装的话，相对来说有一定的难度，也有些不现实，所以在瓦件铺装的时候应根据报恩寺独特的屋面瓦件结构为主来进行铺装，中间以黑色琉璃瓦件为主，两边用绿色琉璃瓦件进行镶边。屋面正前方尽量用原屋面的瓦件，如果瓦件存在数量不够的情况下，可调用山墙两侧的原始瓦件，对于后增加的新琉璃瓦件应铺装在屋面两侧及后面的屋面上。
3、加快推进工期，报恩寺山门修缮工程应在2012年旅游黄金季之前顺利完成，对所有拆卸下的瓦件，在冰冻季节来临前铺设瓦件要基本完成。
最后，施工方项目经理舒栋强表示，对会议上说的一系列问题，我们施工方会坚决按照设计方、业主方的要求去实施，在以后的施工过程中，当发现新的问题时将会及时的与业主单位、设计单位及监理单位进行沟通分析，待问题明确后再做下步的施工，确保修缮工程质量。